A altíssima qualidade do intensivismo é um dos destaques do São Francisco. Outro diferencial é o sistema de pronto atendimento do Centro da Dor Torácica, unidade que trouxe ao Rio Grande do Sul a filosofia de assistência desenvolvida pelos Chest Pain Centers, surgidos nos Estados Unidos na década de 1990, que têm na rapidez e eficiência, tanto no diagnóstico quanto no tratamento das doenças cardiológicas, sua principal característica.

São Francisco é centro de referência no Sul do Brasil na área da cardiologia intervencionista. Também é referência para cirurgia de coronária com uma das maiores experiências do país em procedimentos sem parada do coração.

Com uma média anual de 100/120 cirurgias neonatais, o Serviço de Cirurgia Cardíaca Pediátrica é um dos três que detém maior experiência e qualidade no Brasil. Fora São Paulo, o Hospital São Francisco é o mais importante centro de implante de marcapassos de alta complexidade e de desfibriladores cardíacos do Brasil.